Olá Juliana
Para acessar o Sistema de Credenciamento de Emissores é obrigatório que o acesso via Gov.br tenha nível Ouro, o nível Prata não é mais aceito. Isso foi adotado para garantir a segurança nas emissões de documentos fiscais eletrônicos.
Nesses caso recomendo:
Usar o certificado digital do CNPJ (e-CNPJ): Se o certificado digital for do tipo A1 ou A3 e em nome da empresa (CNPJ), é possível fazer o acesso diretamente no Portal da SEFAZ-SP, sem precisar da conta Gov.br. Se o certificado que você usou é do contador ou pessoa física, o sistema realmente não permitirá o cadastro.
Subir o nível da conta Gov.br para Ouro: Pode ser feito em poucos minutos com uma das seguintes opções: Reconhecimento facial pelo aplicativo Gov.br (usando dados do TSE ou CNH); Validação bancária via bancos parceiros (BB, Caixa, Santander, Bradesco, Itaú, Sicredi, Banrisul, etc.); Certificado digital ICP-Brasil.
Espero ter ajudado.