Olá Camila
A alteração foi deferida nesse mesmo dia 30?
Caso dia 31 o processo de alteração ainda está em andamento, é considerado o ISS devido a Cidade A. Caso já tenha sido atualizado e no dia 31 a empresa já possuia endereço Fiscal na cidade B, é considerado que o Serviço foi prestado fora do município.
Espero ter ajudado.