Olá Ana
Sim, é possível transferir através de uma nota fiscal. Para fazer a transferência:
Emita uma nota fiscal de transferência
Use o CFOP específico para transferência de crédito (geralmente 5601 ou 6601)
Detalhe o valor do crédito transferido no campo de observaçõe
Quanto ao SPED Fiscal, você continuará fazendo o SPED Fiscal separadamente para matriz e filial. A transferência será registrada em ambos os SPEDs.
Lembre-se que as regras podem variar conforme o estado. É recomendável verificar a legislação específica do seu estado.
Espero ter ajudado.