Olá Henrique
Tem a obrigação principal que é a emissão de documentos Fiscais que pode ser:
CTe - Para todas as empresas que realizam transporte de carga;
MDFe - Para transportadoras que realizam transporte para mais de um destinatário;
NFe - Para documentar a circulação de mercadorias.
Para as obrigações acessórias, vai depender do Regime tributário escolhido.
E para cuidar de uma empresa, precisa ser registrado no CRC. Quase todas as obrigações Fiscais, solicita o registro do responsável.
Espero ter ajudado.