Olá Kenia
Ele não precisa alterar notas retroativas para incluir tributos federais. O que deve fazer é a regularização via ERP + PGDAS-D. O destaque dos impostos será daqui para frente.
E cuidado, pois Prefeitura não recolhe IR, mas sim ISS, e mesmo no Simples ele é pago via DAS.
Espero ter ajudado.