Bom dia, Nicolly,
Essa é uma situação bastante comum, e realmente faz sentido consolidar as duas alterações em um único ato, já que ambas envolvem mudanças no contrato social e no cadastro da empresa.
Sobre a retirada do CNAE 7820-5/00, o procedimento correto é uma alteração contratual registrada na Junta Comercial do Estado de São Paulo, a JUCESP. É nesse ato que se atualiza o quadro de atividades econômicas da empresa, retirando a atividade que estava gerando o impedimento à opção pelo Simples Nacional, conforme a vedação prevista na Lei Complementar 123 de 2006 para empresas que exercem cessão ou locação de mão de obra. Vale um comentário à parte: existe uma exceção para empresas de trabalho temporário regularmente constituídas nos termos da Lei 6.019 de 1974, que podem permanecer no Simples Nacional mesmo exercendo essa atividade, sob tributação diferenciada. Como você já decidiu pela retirada do CNAE, presumo que essa exceção não se aplicava ao caso de vocês, mas vale a pena confirmar isso com quem cuida da parte tributária da empresa antes de fechar o processo, para não ter que refazer a alteração mais adiante caso houvesse uma forma de manter a atividade e ainda assim optar pelo Simples.
Quanto à alteração do e-mail cadastrado, ela normalmente é feita dentro do mesmo instrumento de alteração contratual, já que o e-mail costuma constar como dado cadastral da empresa junto ao Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica e, dependendo do caso, também no cadastro estadual e municipal.
Sobre o portal, hoje o caminho recomendado para empresas sediadas em São Paulo é o Facilita SP, que é a plataforma integrada do Estado que reúne, em um único fluxo, os atos de registro perante a JUCESP, a Receita Federal, a Prefeitura e outros órgãos envolvidos na Rede Nacional para a Simplificação do Registro e da Legalização de Empresas e Negócios, a Redesim. O antigo sistema VRE, de Via Rápida Empresa, foi absorvido por essa integração, então, na prática, ao iniciar o processo pelo Facilita SP, você já está utilizando a estrutura que substituiu o VRE isolado. A vantagem de fazer pelo Facilita SP é que o sistema atualiza automaticamente a situação cadastral da empresa também na Receita Federal, evitando que seja necessário fazer esse ajuste separadamente depois no CNPJ.
O processo, de forma resumida, envolve a elaboração do instrumento de alteração contratual com a nova redação do quadro de atividades e do e-mail, a consulta prévia de viabilidade quando exigida pelo município, a assinatura dos sócios com certificado digital ou assinatura eletrônica aceita pela Junta, e o protocolo eletrônico com o pagamento das taxas devidas.
Em relação aos valores, não tenho acesso a dados atualizados em tempo real, e o custo de uma alteração contratual na JUCESP costuma variar conforme o tipo de sociedade, o capital social envolvido e se há ou não alteração de capital junto com o ato. A JUCESP mantém uma tabela oficial de preços de serviços, disponível no próprio portal, e recomendo fortemente que você consulte esse documento diretamente antes de fazer o protocolo, já que os valores são reajustados periodicamente e uma estimativa dada aqui poderia estar desatualizada. De modo geral, uma alteração simples, sem mexer no capital social, tende a ter um custo relativamente baixo comparado a outros atos, mas o valor exato depende da tabela vigente no momento do protocolo.
Se a empresa tiver contador responsável, vale também conferir com ele se há necessidade de retificação em alguma obrigação acessória já entregue com o CNAE anterior, como o próprio enquadramento do Simples Nacional, para garantir que a mudança produza efeito imediato na tributação da empresa.