Bom dia, Natália,
Você está no caminho certo, e a distinção que você fez entre corrigir a redação do objeto social e alterar as atividades da empresa é exatamente o ponto central para não gerar exigência.
Como o CNPJ e a ficha cadastral da Jucesv já trazem os três CNAEs corretamente registrados, e o que está incompleto é apenas a descrição do objeto social no contrato social anterior, o que você precisa fazer é uma alteração de cláusula contratual para adequar o texto do objeto social, e não uma alteração de atividades econômicas. Essas duas coisas são tratadas de forma diferente pela Jucesv justamente porque a alteração de atividades pressupõe inclusão ou exclusão de CNAE, o que dispara toda a análise de compatibilidade e a integração com os órgãos de licenciamento pela Redesim. Como não é o seu caso, você está certo em não marcar essa opção no VRE.
Na prática, o procedimento correto é o seguinte. No aditivo ou na alteração contratual, você vai incluir uma cláusula que altera especificamente a redação da cláusula do objeto social, reescrevendo o texto de forma completa, contemplando de maneira compatível as atividades já registradas nos três CNAEs. A redação típica é algo como a cláusula tal do contrato social passa a vigorar com a seguinte redação, seguida do novo texto do objeto social, já completo e compatível com os CNAEs constantes na ficha cadastral.
Sobre a nomenclatura que você pode usar no preâmbulo do instrumento, para explicar o motivo da alteração, você pode descrever como adequação ou complementação do objeto social ao CNAE já registrado, deixando claro que não há inclusão de nova atividade, apenas ajuste da descrição para refletir corretamente o que já consta no cadastro. O termo retificação costuma ser mais usado quando existe erro material simples, como erro de digitação ou de nome. Como aqui se trata de um texto incompleto que precisa ser reescrito para contemplar a atividade principal, o termo mais adequado tecnicamente é alteração ou adequação da cláusula do objeto social, e não retificação propriamente dita, embora na prática os dois termos acabem sendo aceitos pelos examinadores da Jucesv.
Para reduzir ao máximo o risco de exigência, vale conferir três pontos antes de protocolar. Primeiro, que a nova redação do objeto social cubra de forma clara e compatível as atividades descritas nos três CNAEs, inclusive o principal, já que a compatibilidade entre objeto social e CNAE é um dos critérios de exame previstos no Manual de Registro Mercantil do Drei. Segundo, que no VRE você preencha a alteração apenas como alteração de cláusula contratual, sem marcar a opção de alteração de atividades econômicas, exatamente como você já havia identificado. Terceiro, que o restante do quadro de CNAEs no próprio ato societário, se houver essa informação replicada em algum anexo ou declaração, permaneça inalterado, para não gerar inconsistência entre o que está sendo declarado no VRE e o que está escrito no contrato.
Vale lembrar que não tenho acesso a busca ou a base de dados atualizada, então, se for citar algum número específico de instrução normativa do Drei ou do manual da Jucesv em um documento formal, é importante conferir diretamente na fonte oficial antes de usar.