Bom dia, Natália,
A transferência de registro de uma sociedade do Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas para a Junta Comercial é um procedimento relativamente comum e ocorre principalmente quando a empresa, antes enquadrada como sociedade simples, passa a exercer atividade que a caracteriza como sociedade empresária, nos termos do artigo 982 do Código Civil. Vale esclarecer de início um ponto que costuma gerar confusão entre os alunos: essa mudança não implica extinguir a empresa e abrir uma nova. O CNPJ é mantido, a personalidade jurídica é preservada, e o que ocorre é uma migração do órgão de registro, com continuidade de todos os direitos e obrigações da sociedade.
Como você já vai realizar uma alteração contratual, o momento é realmente adequado para promover essa transferência, já que a própria migração precisa ser formalizada por meio de deliberação dos sócios em um instrumento de alteração contratual. Na prática, os passos costumam seguir esta ordem.
Primeiro, os sócios precisam deliberar, no próprio instrumento de alteração contratual, a mudança da natureza de registro da sociedade, e se for o caso, o enquadramento como sociedade empresária, ajustando o objeto social para deixar clara a atividade econômica organizada exercida. Esse instrumento normalmente já deve trazer o contrato social consolidado, incorporando todas as alterações anteriores, para que a Junta Comercial receba um documento único e atualizado da empresa.
Em seguida, é necessário obter no Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas onde a empresa está registrada uma certidão de inteiro teor do último arquivamento, que comprova o histórico registral da sociedade. Essa certidão costuma ser exigida pela Jucesp justamente para permitir que o novo registro faça referência ao registro anterior, mantendo a rastreabilidade da empresa.
Com o instrumento de alteração contratual assinado e a certidão do cartório em mãos, o processo é protocolado na Jucesp, normalmente pelo sistema Via Rápida Empresa, que integra o registro com a Receita Federal por meio da Redesim. Após a análise e deferimento pela Junta Comercial, a empresa recebe um NIRE, e a Receita Federal atualiza automaticamente a natureza jurídica no cadastro do CNPJ, refletindo a nova condição de sociedade empresária registrada na Junta.
Um passo final que muitas empresas acabam esquecendo é retornar ao Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas para solicitar a baixa do registro anterior, apresentando o comprovante do novo arquivamento na Jucesp. Esse procedimento é importante para que a empresa não permaneça registrada simultaneamente em dois órgãos distintos, o que pode gerar inconsistências cadastrais e problemas futuros.
Vale lembrar ainda que, dependendo da atividade exercida pela empresa, pode ser necessário revisar também inscrições estaduais ou municipais vinculadas à natureza jurídica anterior, já que alguns cadastros fiscais levam em consideração se a sociedade é simples ou empresária.
Como a lista exata de documentos exigidos e os procedimentos operacionais dentro do sistema da Jucesp podem sofrer atualizações, recomendo sempre conferir o manual de registro vigente disponibilizado pela própria Jucesp antes de protocolar o processo, para garantir que todos os documentos estejam de acordo com as exigências atuais.