Olá Wellington, tudo bem?
A empregada que está afastada por licença-maternidade tem direito ao 13º salário proporcional ao período em que esteve afastada. Isso porque o período da licença-maternidade é considerado como tempo de serviço para todos os efeitos trabalhistas, inclusive para o cálculo do 13º salário.
Se a empregada é contratada pela CLT, a empresa é responsável pelo pagamento do 13º salário no final do ano. Durante o período da licença-maternidade, a empresa paga normalmente o salário da empregada, e esse valor é abatido da guia de INSS da empresa.
No caso de seguradas do INSS que recebem diretamente o benefício (por exemplo, trabalhadoras autônomas ou empregadas domésticas afastadas que recebem o salário-maternidade direto do INSS), o 13º salário proporcional ao período da licença é pago mensalmente junto com o benefício de salário-maternidade, em parcelas proporcionais.
Espero ter ajudado.