Olá Leticia, tudo bem?
Oriento a criar uma rubrica com a nomenclatura "Vale-Transporte Concedido Integralmente pela Empresa" (ou algo semelhante) e configurar essa rubrica no sistema da folha como provento sem natureza salarial, ou seja, sem incidência de INSS, FGTS, IRRF e demais encargos, e também sem gerar base para o cálculo de férias ou 13º salário.
Essa verba tem caráter indenizatório, desde que se limite ao transporte entre residência e trabalho. A rubrica deve seguir a tabela 3 do e-Social, normalmente com o código 5002 (VT - Vale-transporte pago em pecúnia, sem desconto), que tem natureza 9 – Outras Naturezas (sem incidência de tributos).
Espero ter ajudado.