Olá Julia, tudo bem?
Se a funcionária ficou afastada por 20 dias, a empresa é responsável apenas pelos 15 primeiros. A partir do 16º dia, o INSS assume, mas somente se ela entrar com o pedido de auxílio-doença.
No seu caso, ela não pediu o benefício e voltou a trabalhar normalmente após o fim do atestado. Ou seja, não há impedimento legal para que a empresa demita ela agora, porque o afastamento já terminou e não existe nenhum processo em andamento com o INSS. Para evitar riscos de processo trabalhista, a empresa pode se resguardar pedindo que ela assine uma declaração informando que deseja sair da empresa porque vai se mudar de cidade, e que não deu entrada no INSS nem tem novo atestado.
Se quiser mais segurança ainda, a empresa pode propor um acordo de demissão consensual (pela CLT, artigo 484-A), onde ela recebe metade do aviso-prévio e da multa do FGTS, podendo sacar 80% do saldo, mas sem direito ao seguro-desemprego.
O importante é documentar tudo certinho para evitar alegações futuras.
Espero ter ajudado.