Olá Mayara, tudo bem?
O ideal é que a empresa emita um certificado digital (e-CNPJ) para conseguir transmitir a GFIP em atraso.
Entendo a ideia de criar um CEI ou CAEPF para resolver o problema do seu cliente, mas não aconselho. Isso pode gerar custos e mais trabalho, já que você passaria a ter que enviar declarações como eSocial e DCTFWeb. Além disso, se você já possui um e-CPF, não é possível vincular um CEI ou CAEPF criado depois, pois essa vinculação só pode ser feita no momento da emissão do certificado. Para isso, teria que emitir um novo e-CPF com a vinculação correta.
Portanto, o mais seguro e profissional é a empresa emitir o e-CNPJ, mesmo que seja apenas para regularizar essas pendências.
Espero ter ajudado.