Olá Amanda, tudo bem?
A transferência de uma funcionária entre CNPJs só é permitida se as empresas fizerem parte do mesmo grupo econômico formalizado, como no caso de holdings. Nesse cenário, é possível fazer a transferência usando o evento de desligamento específico no e-Social e, na nova admissão, informar a data de admissão original, mantendo o histórico. Porém, se os CNPJs não pertencem ao mesmo grupo econômico oficialmente, mesmo que tenham o mesmo sócio ou dono, a legislação não permite a transferência direta. Nesse caso, é necessário fazer o desligamento formal da funcionária na primeira empresa e uma nova admissão na segunda, com novo contrato e nova data de admissão. Como a funcionária já está ciente, o importante agora é formalizar corretamente essa movimentação nos sistemas e garantir todos os direitos trabalhistas na rescisão e nova contratação.
Espero ter ajudado.