Bom dia, Gabrielly,
A situação que você descreve é bastante comum e, na grande maioria dos casos, o problema não está na modalidade de declaração escolhida, mas sim na forma como o vínculo do trabalhador com a obra foi registrado dentro do sistema.
O cadastro do CNO como "serviço" ou como um contrato vinculado à obra não é suficiente para que a Relação de Empregados (RE) traga as informações daquela obra. A RE é sempre gerada por estabelecimento, e não pelo serviço cadastrado isoladamente. Ou seja, para que os funcionários apareçam vinculados à obra na GFIP retificadora, é necessário que a obra esteja cadastrada como um estabelecimento dentro do Domínio, com o número do CNO correspondente, e que cada um dos empregados que efetivamente trabalhou na obra durante as competências de maio e junho de 2021 esteja com o vínculo apontando para esse estabelecimento nesse período específico, e não para o estabelecimento matriz representado pelo CNPJ.
Na prática, isso significa que, além de cadastrar o CNO da obra e a competência, é preciso alterar a lotação ou o estabelecimento de cada funcionário envolvido, informando que naquelas competências ele estava alocado no estabelecimento da obra. Se esse ajuste não for feito no cadastro do trabalhador, o sistema continua entendendo que o funcionário pertence ao estabelecimento matriz, e a RE da obra permanece vazia, mesmo com o CNO corretamente informado em outro ponto do cadastro.
Vale conferir também se o número do CNO foi digitado no formato correto, com os catorze dígitos, já que desde a extinção do CEI para novas matrículas o CNO passou a ser o identificador padrão das obras de construção civil perante a Receita Federal. Se essa obra já existia antes da mudança e ainda usa uma matrícula CEI antiga, é esse número antigo que deve constar na retificação, e não um CNO gerado posteriormente, pois eles não se confundem para fins de vinculação da obrigação já lançada.
Outro ponto importante é verificar se, para essas competências de 2021, a empresa já estava obrigada ao eSocial para fins previdenciários. Se estava, a GFIP dessas competências normalmente já não tem mais função de apuração previdenciária, servindo apenas para o recolhimento do FGTS, e a modalidade de declaração selecionada precisa ser compatível com essa situação. Usar a modalidade voltada para recolhimento de FGTS com informações previdenciárias quando a parte previdenciária já foi apurada pelo eSocial pode gerar inconsistência na geração da guia e explicar por que a informação da obra não aparece do jeito esperado na RE. Vale confirmar, dentro da tela de geração da GFIP retificadora no Domínio, qual modalidade está sendo aplicada para essas competências e se ela corresponde à forma como a empresa já vinha declarando naquele período, já que abrir a retificadora com uma modalidade diferente da original pode causar divergência.
Se depois de ajustar o estabelecimento da obra e o vínculo dos funcionários a pendência no e-CAC persistir, recomendo confirmar diretamente com o suporte técnico do Domínio o caminho exato dentro do módulo de GFIP para associar o trabalhador ao estabelecimento da obra, já que a navegação de telas pode variar conforme a versão do sistema, e também verificar as orientações específicas da Receita Federal e da Caixa para casos de obra de construção civil com apuração indireta referentes a esse período.