Olá Dandara, tudo bem?
Quando a empresa contrata autônomos pessoa física, o pagamento deve ser feito por RPA e não por nota fiscal. Nesse caso, a empresa deve reter 11% de INSS do prestador e recolher mais 20% de INSS patronal sobre o valor bruto, além do ISS que pode ser devido conforme a legislação do município. Se o valor ultrapassar a faixa de isenção, também há retenção de IR na fonte. Essas informações devem ser enviadas pelo e-Social.
Se a contratação for de pessoa jurídica, o serviço é prestado mediante nota fiscal, o ISS é tratado conforme a lei municipal e não há retenção de INSS. Nesse caso, a obrigação acessória vai para a EFD-Reinf.
Espero ter ajudado.