Olá Natalia, tudo bem?
O desconto do empréstimo consignado em folha começa a partir de maio, tanto nos contracheques quanto nas rescisões, respeitando o limite de 35% da base de cálculo do INSS (salário bruto menos os descontos obrigatórios). O desconto também pode ser feito sobre férias e 13º salário, desde que o contrato permita e seja respeitado o mesmo limite, verifique o contrato com o banco. Se o funcionário estiver afastado pelo INSS, a empresa não faz o desconto e ele deverá pagar o banco diretamente, já que o valor não será descontado do benefício do INSS. No caso de a parcela ser maior que o limite disponível para desconto, o funcionário precisará resolver com o banco o pagamento do restante do valor da parcela, pois a empresa só pode descontar até o limite legal.
Espero ter ajudado.