Olá Pablo, boa tarde.
É preciso sim entregar o pró-labore pelo e-social e apurar os encargos pela DCTFWEB para que exista o cruzamento de dados. O pró-labore pode ser considerado para cálculo do fator R.
Mesmo o rendimento sendo do exterior, a emissão de nota fiscal deve ser feita para que haja um comprovante fiscal válido no Brasil, além de ter um controle de valores melhor que o extrato.
Espero ter ajudado.