Olá Natalia, tudo bem?
O desconto do vale-transporte deve ser proporcional aos dias efetivamente trabalhados. Não se desconta nos dias de férias, licenças ou faltas injustificadas, já que o benefício é destinado ao deslocamento residência-trabalho. A base legal é a Lei 7.418/85 e o Decreto 95.247/87, especialmente o art. 4º.
Espero ter ajudado.