Olá Raul, tudo bem?
Atualmente, o salário-maternidade pago pela empresa à empregada durante o afastamento sofre sim os descontos de INSS e IRRF, e isso está de acordo com a legislação.
De acordo com o art. 72, §1º da Lei nº 8.213/91, o salário-maternidade é pago pela empresa e posteriormente compensado na guia de INSS. Por ser tratado como remuneração durante o período de afastamento, ele integra a base de cálculo da contribuição previdenciária (INSS) e também está sujeito à retenção do Imposto de Renda (IRRF).
Portanto, apesar de ser um benefício previdenciário, quando pago pela empresa, ele tem natureza remuneratória e sofre os descontos normalmente. Já quando é pago diretamente pelo INSS, como no caso de seguradas contribuintes individuais, normalmente não deveria ter desconto de INSS, mas em alguns casos recentes o INSS tem feito esses descontos também, o que tem gerado discussão judicial.
Espero ter ajudado.