Olá Gabriel, tudo bem?
Sim, ao deixar o MEI e se tornar uma ME, o sócio deve declarar um pró-labore, com a retenção de 11% de INSS sobre o valor da remuneração. Mesmo que toda a receita da empresa vá para o sócio, é necessário formalizar isso como pró-labore mensal e recolher o INSS via DCTFWeb.
Como não foi feita nenhuma DCTFWeb, será preciso regularizar a partir do mês do desenquadramento. Você pode enviar uma DCTFWeb sem movimento (Provavelmente haverá multa por atraso na entrega) e, a partir de agora, regularizar os lançamentos de pró-labore.
Espero ter ajudado.