Olá, tudo bem?
No período em que o cliente era MEI, não havia obrigatoriedade de envio da DIRF nem de escrituração contábil mensal. No entanto, a distribuição de lucros só é isenta até o limite da presunção. O que exceder esse limite, sem contabilidade regular, só pode ser tributável.
Já sobre a DIRF, entendo que só deveria considerar apenas os valores distribuídos após o desenquadramento, ou seja, a partir de dezembro, quando passaram a ser Simples Nacional. Mas para confirmar o procedimento correto, eu te recomendp entrar em contato com a Receita Federal através do fale conosco.
Espero ter ajudado!