Olá Katiana, tudo bem?
Sim, os recalculos das guias de FGTS anteriores ao FGTS Digital (ou seja, até a competência 02/2024) devem ser feitos pelo SEFIP/GFIP. Você pode retificar os meses em atraso e gerar as guias individualmente.
Recomendo que os recolhimentos em atraso sejam feitos antes da transmissão do evento de rescisão no e-Social, e principalmente antes do vencimento da multa rescisória (10 dias da data de desligamento). Isso porque após o FGTS Digital (a partir de 03/2024), não é mais possível gerar chave no conectividade para saque rescisório. Então a liberação do saque agora acontece automaticamente, com base nos dados enviados ao e-Social e nos valores efetivamente creditados na conta vinculada da funcionária. Se os valores não estiverem na conta do FGTS no momento da rescisão, ela não conseguirá sacar integralmente, e será necessário aguardar que o sistema identifique os depósitos para liberação posterior. Portanto, para garantir o saque completo da funcionária, é essencial que os depósitos atrasados estejam regularizados antes da rescisão ser processada no sistema.
Espero ter ajudado.