Olá Graziele, bom dia. Vamos por partes:
Se o funcionário estava afastado até 10/2023 e não teve alta do médico, não deveria ter sido calculada folha de pagamento após essa competência pois não houve prestação de trabalho.
Se o empregador pagou as contribuições em atraso, precisa ser apresentado no INSS para que seja reconhecido na base de dados do empregado, por ter sido pago em atraso, pode ocorrer de demorar para reconhecer.
Na folha de pagamento deve ser informado o afastamento do empregado, com o código correto e no momento de fechar a folha, não será gerado o salário.
Espero ter ajudado.