Olá Tiago, tudo bem?
Neste caso, a empresa pode seguir dois sindicatos diferentes. Os empregados que atuam na atividade de comércio devem ser enquadrados no sindicato da categoria do comércio, e os empregados da construção civil devem ser enquadrados no sindicato correspondente à construção. O enquadramento é feito conforme a atividade efetivamente exercida por cada grupo de trabalhadores, desde que as atividades sejam distintas dentro da mesma empresa.
Espero ter ajudado.
