Bom dia!
Conforme Lei n° 605, DE 5 DE JANEIRO DE 1949
Art. 6º Não será devida a remuneração quando, sem motivo justificado, o empregado não tiver trabalhado durante toda a semana anterior, cumprindo integralmente o seu horário de trabalho.
Ou seja, caso o trabalhador não trabalhe toda a semana por motivos injustificados, ele perderá o DSR da semana seguinte.
No 1° caso o seu sistema calculou corretamente, o colaborador faltou 3 dias, em 3 semanas diferentes, o sistema lançou 3 faltas normais e 3 faltas DSR, referente o DSR das 3 semanas (3 domingos), pois ele não cumpriu toda carga horária das 3 semanas.
No 2° caso precisa verificar quais foram os dias faltantes, pois se ele faltou 3 dias na semana, exemplo (segunda, quarta, sexta), será descontado os 3 dias + 1 dia referente o DSR, ou seja será 4 dias de desconto, pois as faltas foram na mesma semana, diferentemente do 1° caso.
Espero ter ajudado.
Abraços.