Olá Lucas, tudo bem?
O contrato de experiência é uma modalidade de contrato por prazo determinado (art. 443, §2º, da CLT), e, conforme a legislação trabalhista, o afastamento por motivo de saúde, com apresentação de atestado médico, não prorroga o contrato automaticamente, mas interrompe sua contagem — ou seja, os dias de afastamento não são computados no período do contrato. Portanto, a rescisão deverá ocorrer no primeiro dia útil após o fim do afastamento, com o contrato sendo encerrado formalmente nessa nova data.
Espero ter ajudado.