Olá Ana, vamos lá:
1 - Desconto em folha de pagamento é INSS e IRRF que são automáticos, demais descontos (VT, Contribuição assistencial, etc, precisa de autorização do funcionário)
2 - O recibo DAE não é contracheque, ele é um demonstrativo de encargos.
3 - A guia DAE só recolhe impostos, não recolhe pagamento de funcionário, o pagamento deve ser feito por transferência bancária ou por PIX.
4 - O empregador é responsável pela jornada do empregado, todo mês deve ser feito anotação do cartão de ponto (na internet é disponibilizado modelos em branco para marcação) e ao final de cada mês, o resumo do apontamento deve ser enviado para a contabilidade para apuração da folha de pagamento.
Espero ter ajudado!