Olá Natalia, tudo bem?
Se o funcionário continuou trabalhando após a solicitação de rescisão, isso indica que a rescisão não foi efetivamente concretizada. Nesse caso, você pode cancelar a rescisão no sistema e excluir a rescisão do e-Social, caso já tenha sido registrada. Como ele seguiu trabalhando, o vínculo foi mantido.
Espero ter ajudado.

