Olá Michelle, boa tarde.
A funcionária pode sim ser encaminhada ao INSS, ela irá passar pela perícia e apresentar os atestados, se não aceitarem por falta do CID, ela tem que ir até o posto de saúde e solicitar o preenchimento. Em casos de afastamento, o empregado tem que ser responsável pelo procedimento junto ao INSS.
Outra orientação que podemos dar é que a empresa busque auxílio jurídico e tenha embasamento para qualquer ação que irá tomar, pois funcionária grávida é uma situação delicada e a empresa precisa ter certeza das ações.
Caso ela pegue atestados não seguidos, a empresa deve arcar com os dias sim ou encaminhe ela para o médico do trabalho, caso ele considere ela não apta para trabalhar, ele pode fornecer um atestado ocupacional com CID para afastamento médico.
Espero ter ajudado.