Olá Isabela, tudo bem?
Sim, mesmo que o sócio já recolha o INSS na outra empresa e atinja o teto, a empresa deve recolher os 20% sobre o pró-labore do sócio, pois este valor corresponde à contribuição patronal e não à contribuição do próprio sócio. O fato de o sócio já ter atingido o teto em outro vínculo de trabalho não isenta a empresa de pagar essa contribuição.
Espero ter ajudado.