Olá Carlos, bom dia.
O profissional autônomo é responsável pelo recolhimento do INSS através da Guia da Previdência Social (GPS). Porém quando o serviço é prestado para uma pessoa jurídica, a PJ tomadora do serviço é obrigada a reter 11% sobre o valor bruto da nota fiscal e recolher esse valor ao INSS em nome do prestador. Caso o profissional autônomo deseje complementar sua contribuição até o teto do INSS, ele deve gerar e pagar uma GPS complementar.
Quanto ao IR , o profissional autônomo é responsável pelo recolhimento do IR através do Carnê-Leão.. Em alguns casos, a pessoa jurídica tomadora do serviço pode ser obrigada a reter o IR na fonte e recolher o imposto. Essa retenção depende da legislação vigente e do valor da prestação de serviços.
Espero ter ajudado.