Olá Ana Raquel, tudo bem?
Essas situações envolvem diferentes aspectos tributários e de obrigações fiscais, tanto para a igreja quanto para a missão e os beneficiários de projetos. Vou detalhar os pontos principais para te ajudar a entender como proceder:
A ajuda de custo enviada para o missionário no exterior é um pagamento com características de remuneração ou subsídio. Como a missão está fora do Brasil, é importante observar alguns pontos, como os impostos e tributos. Em geral, ajuda de custos não incide impostos diretamente sobre, mas o valor pago ao imposto deve ser declarado e, dependendo do regime de tributação (se for considerado como salário ou doação), ele pode precisar ser declarado ao fisco brasileiro. Se a missão para residentes fora do Brasil, a ajuda de custo pode ser tratada como remuneração ou doação, dependendo do tipo de vínculo com a igreja. Nesse caso, é importante verificar a legislação internacional para saber como o valor é tributado no país em que a missão reside. A igreja pode precisar de reter impostos sobre esse pagamento, dependendo do tipo de vínculo.
Espero ter ajudado.