Olá André, tudo bem?
Embora o Imposto de Renda seja de competência da União, a Constituição Federal determina que o IRRF retido na fonte sobre os rendimentos pagos por órgãos públicos municipais (como a Câmara Municipal) deve ficar com o próprio município.
Isso está previsto no artigo 158, inciso I da Constituição Federal. Ou seja, quando a Câmara retém o IR dos salários de servidores e vereadores, esse valor não vai para a União, mas sim para a Prefeitura, porque ele pertence ao município.
Esse repasse à Prefeitura não é um erro, e sim uma regra de repartição de receitas entre os entes federativos.
Já nas empresas privadas, o IRRF retido dos empregados deve ser recolhido normalmente para a União.
Espero ter ajudado.