Olá Viviane, tudo bem?
A legislação permite que o empregador estabeleça uma tolerância de até 10 minutos na entrada e na saída do funcionário, sem que esses minutos sejam considerados para pagamento de horas extras. Ou seja, atrasos ou saídas até 10 minutos além do horário não precisam ser pagos como hora extra.
Mas, se passar desse período, o tempo extra deve ser registrado no cartão ponto, lançado no eSocial e pago normalmente com o adicional de horas extras de no mínimo 50%.
Espero ter ajudado.