Olá Juliana, tudo bem?
Você pode lançar a gratificação de quebra de caixa como Gratificação no e-Social Simplificado. O sistema não tem rubrica específica para essa verba de quebra de caixa, mas essa opção é válida. O pagamento dessa gratificação não causa desenquadramento do MEI. O que gera desenquadramento é: faturamento acima do limite anual; ter mais de 1 empregado; ou contratar empregado com salário maior que 1 salário mínimo ou piso da categoria na admissão (art. 18-C, §1º da LC 123/2006). Se o piso do sindicato é maior que o salário mínimo, o MEI pode pagar esse valor normalmente, inclusive com adicionais (como insalubridade, quebra de caixa, horas extras).
Espero ter ajudado.