Olá Maria, tudo bem?
Sua cliente, com CNAE 8650-0/03 – Atividades de psicologia e psicanálise, exerce uma atividade sujeita ao Fator R conforme a Lei Complementar 123/2006, art. 18, §5-I. Isso significa que ela poderá ser tributada no Anexo III ou Anexo V do Simples Nacional, dependendo do Fator R.
O Fator R é calculado com base na relação entre a folha de pagamento (incluindo pró-labore) e a receita bruta dos 12 últimos meses. Se esse índice for igual ou superior a 28%, a empresa será tributada no Anexo III, com alíquota mais vantajosa. Se for inferior a 28%, será tributada no Anexo V, com alíquota mais elevada.
Mesmo que ela não tenha funcionários registrados, o pró-labore já conta como folha e é suficiente para gerar o Fator R. Por isso, você agiu corretamente ao aumentar o valor do pró-labore quando o faturamento dela subiu, para manter o Fator R acima de 28% e garantir o enquadramento no Anexo III. Isso evita uma carga tributária bem maior no Anexo V, mesmo que tenha gerado um aumento no valor do INSS (11% sobre o novo pró-labore).
Na hora de preencher o PGDAS-D, a opção correta é "sujeito ao Fator R", pois a atividade dela está entre aquelas cujo anexo depende do Fator R. O sistema fará o cálculo e aplicará o anexo correto automaticamente com base nos valores declarados. O fato de ela não ter funcionários não altera essa obrigatoriedade, desde que haja pró-labore declarado.
Portanto, sua análise e seus procedimentos estão totalmente corretos e amparados pela legislação. O aumento do INSS é uma consequência estratégica e necessária para que ela continue pagando menos imposto no Simples Nacional. Se ela quiser pagar "o mínimo possível", é importante entender que esse pequeno aumento no INSS está justamente evitando um custo total muito maior com tributos.
Espero ter ajudado.