Olá Laíne, tudo bem?
Nesse caso, como ela passará a ser registrada pela prefeitura, não é mais necessário continuar contribuindo com o INSS como contribuinte individual via GPS, já que ela já estará segurada. Porém, ela pode continuar contribuindo como contribuinte individual facultativo se quiser aumentar o tempo ou valor de contribuição, mas isso passa a ser opcional.
Quanto ao Carnê-Leão, sim, ela deve continuar recolhendo caso a soma dos rendimentos mensais como autônoma ultrapasse o limite de isenção da tabela do IRPF vigente.
Espero ter ajudado.