Olá Sávio, bom dia.
Ao fechar uma folha de pagamento que deva contribuir com a parte patronal do INSS, a empresa deverá pagar a alíquota RAT e o FAP ajustado, a aplicabilidade se dará no momento do cálculo do INSS patronal.
Vamos supor que a folha de pagamento é de R$ 1.000,00:
20% de INSS patronal - 200,00
2% de RAT - 20,00
1% FAP ajustado - 10,00
Lembrando que o que vai determinar o RAT é o CNAE e o FAP vai depender das informações de afastamentos previdenciários da empresa (se nunca teve, irá se manter na menor porcentagem).
Espero ter ajudado.