Olá José, tudo bem?
Mesmo que a empresa e os empregados não sejam sindicalizados, a Convenção Coletiva de Trabalho firmada pelo sindicato patronal e pelo sindicato dos trabalhadores da categoria deve ser observada, pois a CLT determina que os instrumentos coletivos se aplicam a todos os empregados e empregadores da base territorial e do setor econômico correspondente. Assim, no caso de uma empresa de comércio varejista, por exemplo, ela deve seguir a convenção coletiva firmada pelo sindicato dos trabalhadores do comércio da região em que está estabelecida. Não há obrigatoriedade de filiação nem para a empresa nem para os empregados. A vinculação às normas da convenção coletiva ocorre por força de lei e não depende de filiação sindical.
Espero ter ajudado.