Olá Alberes, tudo bem?
A empresa pode ser multada pela falta de registro do funcionário, pois a legislação prevê multas por essa irregularidade. Essas multas podem ser aplicadas pela fiscalização do trabalho.
Quanto ao registro retroativo do funcionário falecido, não é possível fazer isso pelo sistema do e-Social, já que ele não está mais ativo e CPF cancelado. A regularização deve ser feita via processo judicial, onde será reconhecido o vínculo e calculados os valores devidos.
Por isso, toda a questão deve ser resolvida na justiça, e a empresa deve fornecer os documentos e informações solicitados para a defesa.
Espero ter ajudado.