Olá Gabriela, tudo bem?
Depende. Se ela contribui como autônoma e também como CLT, pode sim receber os dois benefícios, desde que cumpra os requisitos em cada vínculo. Os benefícios são cumulativos, pois como autônoma o pagamento é feito pelo INSS, e como CLT, é a empresa quem paga. A solicitação deve ser feita como salário-maternidade urbano mesmo.
Espero ter ajudado.