Olá Steffane, tudo bem?
O vale-transporte é um benefício obrigatório quando solicitado pelo funcionário, regulamentado pela Lei 7.418/85. O empregador pode descontar até 6% do salário do empregado, e o valor não integra o salário, ou seja, não há incidência de encargos trabalhistas como INSS, FGTS e IR. Ele deve ser utilizado exclusivamente para o deslocamento casa-trabalho-casa.
O auxílio-transporte, por outro lado, é um benefício opcional concedido por liberalidade da empresa e não possui regulamentação específica. Pode ser pago em dinheiro ou de outra forma definida pela empresa. Dependendo da forma de concessão, pode ou não integrar o salário.
Espero ter ajudado!