Bom dia.
Não, você não pode descontar essas horas / dias do funcionário. Logo, não há o que se falar em desconto do banco de horas.
O que poderia ser feito, é uma compensação além do que o funcionário já tem direito, que são as 2 horas por dia saindo mais cedo, ou não trabalhar os últimos 7 dias. Se for além, disso, pode sim acontecer o desconto do banco de horas.