Olá Gustavo, tudo bem?
Existem alguns caminhos simples dentro do próprio sistema.
Um deles é acessar Emissão de Guia Rápida e selecionar a competência desejada. Se, ao selecionar, aparecerem outras competências disponíveis para geração, isso indica que existem valores em aberto.
Outra forma é utilizar a Guia Parametrizada. Nesse caso, selecione a primeira competência disponível e depois a última competência no período que deseja verificar. Ao prosseguir, o sistema irá listar apenas as competências que possuem valores em aberto, permitindo gerar a guia para pagamento.
Assim, fica mais fácil identificar quais competências realmente ainda possuem débito no FGTS.
Espero ter ajudado.