Olá Renata, tudo bem?
Existem os 2 tipos de contrato. O prazo de até 90 dias é para contrato de experiência.
Para obra (serviço com início, meio e fim), pode usar contrato por prazo determinado de até 2 anos (art. 443 da CLT).
2) Se o contrato terminar na data prevista, não há multa de 40% do FGTS.
Paga apenas: saldo de salário, férias proporcionais + 1/3 e 13º proporcional. O FGTS fica disponível para saque.
3) O MEI recolhe sim INSS patronal de 3% sobre o salário, além do valor descontado do segurado e FGTS.
Espero ter ajudado.