Olá Fabíola, tudo bem?
No caso que você descreveu, o valor líquido da rescisão não pode ficar negativo, então a empresa só pode descontar até o limite do valor disponível na rescisão, no seu exemplo, os R$ 3.600,00.
O saldo restante dos descontos, que não foi possível abater, permanece como dívida do ex-empregado e pode ser cobrado posteriormente pelo credor, como o banco ou a instituição responsável pelo consórcio ou empréstimo.
Espero ter ajudado.