Olá Alex, tudo bem?
No e-Social precisará alterar a classificação tributária, então, ao entrar no e-social, troquei o módulo Simplificado pelo módulo Geral e faça o ajuste da classificação tributaria, deixando de ser MEI e passando para a classificação correspondente ao Simples Nacional.
Enquanto o cadastro permanecer como MEI, o sistema realmente fica limitado. Após a correção da classificação tributária no e-Social, é possível processar a folha normalmente, inclusive a geração de pró-labore.
Espero ter ajudado.