Olá Rafaela, tudo bem?
O correto nesse caso é reabrir e fechar todas as folhas de pagamento no eSocial referentes ao período em que o vínculo esteve ativo, informando as remunerações normalmente e realizando o recolhimento dos encargos devidos.
Após regularizar as competências em aberto, você poderá informar o desligamento do empregado no eSocial e finalizar as obrigações.
As declarações sem movimento são utilizadas apenas para empresas que não possuem empregados ou que não tiveram fatos geradores no período, o que não é o caso, já que havia um funcionário registrado durante esse tempo.
Espero ter ajudado.