Olá Vinicius, tudo bem?
Você pode sim, não há problema em fazer a folha de pagamento diretamente pelo eSocial no início, principalmente com poucos clientes. Porém, não é o mais recomendado a médio prazo, pois o sistema do eSocial é bastante limitado. Ele atende bem ao envio das obrigações, mas não oferece recursos completos de gestão, como emissão de folha de pagamento detalhada, relatórios gerenciais, contracheques mais completos e controle mais eficiente das rotinas trabalhistas. Além disso, em situações mais específicas ou cálculos diferenciados, você pode encontrar dificuldades dentro do próprio portal. Por isso, é válido como solução temporária, mas o ideal é, conforme sua carteira de clientes crescer, migrar para um sistema contábil que traga mais segurança, agilidade e profissionalismo ao seu serviço.
Espero ter ajudado.