Olá Guilherme
Mesmo com o CNPJ baixado, a GFIP pode ser gerada no sistema SEFIP informando o CNPJ baixado normalmente. No campo Competência, preencha os meses de 12/2019 a 07/2020. Informe os trabalhadores, remunerações e os valores de FGTS/INSS devidos.
Transmita via Conectividade Social ICP, utilizando o certificado digital do antigo responsável legal ou do escritório contábil autorizado.
A Caixa Econômica Federal permite o envio de GFIP mesmo após a baixa do CNPJ, pois as competências são anteriores à extinção.
Se houver rejeição de transmissão a empresa ou seu responsável deve abrir processo digital no e-CAC da Receita Federal, anexando:
o comprovante da baixa;
o relatório das GFIPs pendentes;
e o pedido de regularização retroativa das competências.
A Receita Federal e a Caixa podem autorizar o envio manual das GFIPs antigas.
Espero ter ajudado.